종합부동산세는 소유 부동산의 규모와 유형에 따라 부과되는 세금으로, 일정 조건을 충족하는 임대주택·사원용주택·주택신축용토지 등은 과세표준 합산에서 제외(합산배제)하거나 세액 공제·기본공제 한도 확대 등 특례를 적용받을 수 있습니다.
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▦ 추진 배경
- 서민·중산층 주거 안정 및 민간임대주택 공급 확대를 통한 시장 활성화와 투기수요 억제를 목표로 도입되었습니다.
- 임대주택, 미분양주택 등 취득 또는 운영 시 세 부담 완화로 운영자금 회전 및 신규 공급 유도를 촉진합니다.
- 합산배제 및 과세특례 대상 부동산을 소유한 납세자는 9월 16일(화)부터 9월 30일(화)까지 신청을 하면 11월 정기고지 때 해당 부동산이 비과세되거나 1세대 1주택자로 과세되는 등 혜택을 받을 수 있습니다.
- 기존에 신청한 경우에는 계속 적용되므로 다시 신청하지 않아도 되지만, 요건을 충족하지 못하게 된 경우에는 변동내용을 반드시 신고해야 합니다.
▦ 관련 법률
▦ 주요 개정 내용
서민의 주거생활 안정을 지원하기 위하여 한국토지주택공사 및 지역주택도시공사가 소유하는 공공임대주택은 가액 및 면적 요건과 무관하게 종합부동산세 과세표준 합산 대상에서 제외한다.
30호 이상의 공공임대주택 및 민간임대주택을 공급하는 경우에는 합산배제 가액요건을 상향하는 한편, 1세대 1주택자 판정시 주택 수에서 제외되는 지방저가주택의 가액요건을 공시가격 3억원에서 4억원으로 상향하는 등 현행 제도의 운영상 나타난 일부 미비점을 개선ㆍ보완하였다.
- 동거봉양 합가시 1세대 1주택자 특례 적용대상이 되는 직계존속의 범위에 과세기준일 현재 60세 이상인 배우자의 직계존속이 포함됨을 명확히 함.
- 한국토지주택공사 및 지역주택도시공사가 소유하는 공공임대주택은 가액 및 면적요건과 무관하게 합산배제하고, 공공임대주택 및 민간임대주택을 30호 이상 공급하는 경우에는 합산배제 가액요건을 건설임대주택은 9억원에서 12억원으로, 수도권 매입임대주택은 6억원에서 9억원으로, 비수도권 매입임대주택은 3억원에서 6억원으로 상향함.
- 민간임대주택의 원활한 공급을 지원하기 위하여 종합부동산세 과세표준 합산 대상에서 제외되는 임대주택에 의무 임대기간이 6년인 단기민간임대주택을 포함함.
- 종합부동산세 과세표준 합산 대상에서 제외되는 사원용 주택 범위를 확대하여 사내근로복지기금 및 공동근로복지기금이 출연받은 금전으로 취득하여 출연자 소속 근로자에게 무상 또는 저가로 제공하는 주택을 포함함.
- 종합부동산세 과세표준 합산 대상에서 제외되는 토지임대부 분양주택의 범위를 확대하여 한국토지주택공사가 「주택법」에 따라 공공매입한 경우 해당 주택의 건물을 포함함.
- 종합부동산세 과세표준에서 제외되는 전통사찰 보존지 내 주택 부속토지의 연간 사용료 계산방법을 기획재정부령에 위임하는 근거를 마련함.
- 「공항소음 방지 및 소음대책지역 지원에 관한 법률」에 따라 공항공사가 의무적으로 매수한 소음대책지역 내 주택을 종합부동산세 과세표준 합산 대상에서 제외함.
- 사원용주택이 과세기준일 현재 일시적으로 공실이 된 경우에도 1년 중 9개월 이상 사원용주택으로 제공하면 계속 제공한 것으로 간주하여 종합부동산세 과세표준 합산 대상에서 제외함.
- 종합부동산세 1세대 1주택자 판정시 주택 수에서 제외되는 지방저가주택의 가액 요건을 공시가격 3억원에서 4억원으로 상향함.
- 1세대 1주택자 장기보유세액공제 계산시 재건축·재개발주택 및 배우자 상속주택의 보유기간을 산정하기 위하여 납세자가 해당 특례 신청서를 제출하도록 함.
- 재산세 세부담 상한제가 과세표준 상한제로 전환됨에 따라 주택분 종합부동산세 세부담 상한 계산시 직전연도 총세액상당액은 세부담 상한액과 과세표준 상한액을 적용하지 않은 세액으로 적용하도록 변경함.
▦ 합산배제 유형별 주요 요건
일정 요건을 갖춘 임대주택, 사원용주택 등과 주택신축용 토지를 합산배제 신고하면 종합부동산세 과세대상에서 제외됩니다.
- 임대주택: 지자체·세무서 등록, 최소 10년 의무임대, 임대료 증액 상한 5% 등, 일정 공시가격(예: 수도권 9억원 이하) 이하.
- 사원용주택: 공시가격 6억원 이하 또는 전용면적 85㎡ 이하, 임대보증금이 공시가격의 10% 이하.
- 미분양주택: 최초 납세의무 성립일로부터 5년(최대 7년까지) 이내.
- 주택신축용 토지: 사업 계획 승인받고, 취득 5년 이내 계획 승인 예정.
- 공공임대주택·기숙사·어린이집용 주택 등.
올해에는 6년 단기임대주택 제도가 새롭게 시행됨에 따라 과세기준일(’25.6.1.) 전 임대 개시한 경우 9월 30일까지 지자체 단기임대주택 등록과 세무서 주택임대업 등록을 모두 마치면 합산배제를 신청할 수 있습니다.
▦ 과세특례 유형별 주요 요건
일시적 2주택, 상속주택, 지방 저가주택, 부부공동명의 주택은 특례 신청 시 1세대 1주택자 계산방식*을 적용받을 수 있습니다.
* 기본공제 12억, 연령(만 60세 이상) 및 보유기간(5년 이상)에 따른 세액공제(최대 80%) 적용
- 공동명의 1주택자: 부부가 1주택만 공동 소유, 다른 세대원이 주택 소유하지 않을 경우 1세대 1주택자 특례 적용.
- 일시적 2주택자·상속주택·지방 저가주택 등: 단기간 2주택, 상속으로 인한 주택 보유 등 비의도적 중복 소유에 대한 특례 적용.
- 지방 미분양주택/지분정립형 주택의 자녀 지분 등 추가 특례.
특히 올해부터 1세대 1주택자가 소유한 주택이 재건축･재개발된 주택1) 또는 배우자로부터 상속받은 주택2)인 경우 특례 신청을 해야 보유기간별 세액공제를 적용받을 수 있습니다.
1) 재건축･재개발된 주택의 보유기간 계산은 멸실된 종전 주택을 취득한 날부터 적용
2) 배우자로부터 상속받은 주택의 보유기간 계산은 배우자가 해당 주택을 취득한 날부터 적용
▦ 과세특례 신고(신청) 방법
- 신고기간: 매년 9월 16일~9월 30일.
- 신고방법:
- 국세청 홈택스(온라인): ‘합산배제 및 과세특례 신고’
- 서면 신고: 주소지 세무서 방문/우편 제출.
- 안내문 발송: 대상자에게 모바일·우편 안내문 사전 발송.
- 변동사항: 기존 신청자는 자격 유지 시 재신청 불필요, 등록말소 등 변동 발생 시 반드시 신고.
- 홈택스 제공 서비스: 자가진단, 미리채움, 모의세액 계산 등.
홈택스 접속 > 상단 ‘국세증명・사업자등록 세금관련 신청/신고’ 클릭 > 좌측 메뉴 중 ‘종합부동산세 각종 특례 신청’ 클릭 > 해당하는 항목 신청
▦ 과세특례 신고(신청) 시 준비서류
- 합산배제 및 과세특례 신고서(변동신고서 포함)
최신 서식은 홈택스·국세청 홈페이지에서 다운로드 가능. - 주택분 과세대상 물건 명세서
신청하는 주택 및 토지의 세부내역 기재. - 임대사업자 등록증 사본 및 임대차계약서
임대주택 합산배제 신청 시 의무적으로 준비해야 할 증빙서류. - 상속관계 증명서류(가족관계증명서, 상속등기부 등본 등)
상속주택 합산배제·특례 신청 시 필수. - 주택취득 관련 서류(매매계약서, 등기부등본 등)
일시적 2주택, 신규취득 주택 관련 신청 시 활용. - 과세특례 관련 별지 서식
부부 공동명의 1주택 특례 등 별도 신고서 필요. - 기타 증빙서류
- 임대료 증액상한 확인 자료, 임대의무기간 충족확인 자료, 자가진단 결과
- 공시가격 확인서, 건축허가 관련 일정 자료 등.
- 전자(PDF) 파일
홈택스(온라인) 신청 시 관련서류를 PDF로 제출 가능.
▦ FAQ: 종합부동산세 합산배제·특례 Q&A
Q1. 기존 신고자는 매년 재신고해야 하나요?
아니오. 변동이 없는 경우 계속 적용. 등록말소 등 변동 발생 시에만 재신고 필요.
Q2. 미분양주택의 합산배제 인정기간은?
최초 재산세 납세의무 성립일로부터 5년(2025년 기준, 최대 7년까지 인정).
Q3. 공동명의 1주택자 특례 조건은?
부부가 1주택만 공동소유, 다른 세대원이 주택 소유하지 않는 경우.
Q4. 온라인 신청 서비스는?
국세청 홈택스에서 과세물건 자동입력·미리채움 등 이용 가능.
▦ 체크리스트: 합산배제·특례 신청 준비
- 주택/토지 소유 현황 및 관련 자료 확인
- 임대주택 및 사원용주택 등록 여부 확인(지자체·세무서)
- 공시가격·면적 등 규정 충족 여부 파악
- 합산배제·특례 해당 여부 자가진단(홈택스)
- 신청서 작성 및 증빙 자료 준비
- 9월 16~30일 기간 내 홈택스 또는 서면 제출
- 변동사항 발생 시 추가 신고