임대주택 합산배제 및 과세특례: 2025년 최신정보 및 신청방법 총정리

임대주택은 종합부동산세 합산배제 및 과세특례의 대표적인 적용 대상으로, 일정 요건을 충족하면 종합부동산세 과세표준에서 제외(합산배제)되거나 세액공제 등 특례를 받을 수 있습니다.

▩ 임대주택 합산배제 및 과세특례란?

임대주택 소유자는 일정 요건을 충족할 경우 종합부동산세 과세표준에서 해당 주택을 제외(합산배제)하거나, 세액공제 등 세제 혜택(과세특례)을 받을 수 있습니다. 이 제도는 임대주택 공급 활성화 및 서민 지원 목적으로 운영됩니다.

▩ 신고방법 및 신고기간

납세의무자가 합산배제 임대주택의 규정을 적용받으려는 때에는 해당 연도 9월 16일부터 9월 30일까지 「임대주택 합산배제 (변동)신고서*」에 따라 신고하여야 합니다.
다만, 최초의 합산배제 신고를 한 연도의 다음 연도부터는 그 신고한 내용 중 임대주택의 소유권 또는 전용면적의 변동이 없는 경우에는 별도의 신고 없이 계속 적용됩니다.

* (공공임대주택) 종합부동산세법 시행규칙 별지 제1호 서식 및 (민간임대주택) 종합부동산세법 시행규칙 별지 제2호 서식

  • 홈택스 전자신고 : 국세청 홈택스 시스템을 통한 간편 신고 가능.
  • 서면신고 : 관할 세무서 방문 또는 우편 접수 가능.
  • 신청서류 준비 : 임대사업자 등록증, 임대차계약서, 공시가격 확인서 등.
  • 기존 신청자 : 변동사항이 없으면 재신고 불필요하나, 요건 변동 시 반드시 신고.

▩ 사후관리

합산배제를 적용받은 후 임대의무기간, 임대료증액제한 요건 등을 준수하지 못한 경우 감면받은 종합부동산세액과 이자상당가산액 추징됩니다.

▩ 합산배제 적용 시 혜택

주택분 종합부동산세 과세표준에 합산의 대상이 되는 주택의 범위에 포함하지 않습니다.(비과세)

▩ 합산배제 임대주택의 범위

합산배제 임대주택이란 「공공주택 특별법」 제4조에 따른 공공주택사업자 또는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제7호에 따른 임대사업자(이하 ‘임대사업자’)로서 과세기준일 현재 「소득세법」 제168조 또는 「법인세법」제111조에 따른 주택임대업 사업자등록(이하 ‘사업자등록’)을 한 자가 임대하거나 소유하고 있는 아래 어느 하나에 해당하는 주택을 말합니다.
다만, 합산배제 신고기간 종료일(9.30.)까지 임대사업자로서 사업자등록을 하는 경우에는 해당 연도 과세기준일 현재 임대사업자로서 사업자등록을 한 것으로 봄

  • 공공건설 및 구 민간건설(’18.3.31.이전 등록) 임대주택
    「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조제2호에 따른 민간건설임대주택(2018.3.31. 이전에 지자체 임대사업자등록과 세무서 주택임대업 사업자등록을 한 주택으로 한정)과 「공공주택 특별법」 제2조제1호의2에 따른 공공건설임대주택으로서 아래 조건에 해당하는 주택
    다만, 공공주택사업자 중 「한국토지주택공사법」에 따른 한국토지주택공사(이하 “한국토지주택공사”라 한다) 또는 「지방공기업법」제49조에 따라 주택사업을 목적으로 설립된 지방공사(이하 “지방주택공사”라 한다)가 소유하고 있는 주택의 경우에는 주거전용면적과 공시가격 요건을 적용하지 않음
주거전용면적주택수공시가격1)임대기간임대료
149㎡ 이하시도별 2호이상9억원 이하2)5년 이상증가율 5% 이하3) , 1년 내 재증액 금지

1) 2호 이상 주택 임대를 개시한 날(2호 이상의 주택 임대개시일 이후 임대한 주택의 경우에는 그 주택의 임대개시일) 또는 최초 합산배제신고 연도의 과세기준일 현재 공시가격
2) 2021년 2월 16일 이전 「건축법」 제22조에 따라 사용승인을 받거나 「주택법」 제49조에 따라 사용검사 확인증을 받는 건설임대주택은 6억원 이하, 30호 이상의 주택을 임대하는 경우 : 12억원 이하
3) 「공공주택 특별법」 제49조제4항에 따라 임대료등을 증액하는 경우에는 다목 전단을 적용하지 않으며, 임대사업자가 임대료등의 증액을 청구하면서 임대보증금과 월임대료를 상호 간에 전환하는 경우에는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제44조제4항 및 「공공주택 특별법 시행령」 제44조제3항에 따라 정한 기준을 준용

  • 공공매입 및 구 민간매입(’18.3.31.이전 등록) 임대주택
    「민간임대주택에 관한 특별법」제2조제3호에 따른 민간매입임대주택(2018.3.31. 이전에 지자체 임대사업자등록과 세무서 주택임대업 사업자등록을 한 주택으로 한정)과 「공공주택 특별법」제2조제1호의3에 따른 공공매입임대주택으로서 아래 조건에 해당하는 주택
    다만, 한국토지주택공사 또는 지방주택공사가 소유하고 있는 주택의 경우에는 주거전용면적과 공시가격 요건을 적용하지 않음
주거전용면적주택수공시가격1)임대기간임대료
전국 1호 이상6억원 이하2) (수도권 밖 3억원 이하)5년 이상증가율 5% 이하3) , 1년 내 재증액 금지

1) 해당 주택 임대를 개시한 날 또는 최초 합산배제신고 연도의 과세기준일 현재 공시가격
2) 30호 이상의 주택을 임대하는 경우 : 9억원 이하(수도권 밖 6억원 이하)
3)「공공주택 특별법」 제49조제4항에 따라 임대료등을 증액하는 경우에는 다목 전단을 적용하지 않으며, 임대사업자가 임대료등의 증액을 청구하면서 임대보증금과 월임대료를 상호 간에 전환하는 경우에는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제44조제4항 및 「공공주택 특별법 시행령」 제44조제3항에 따라 정한 기준을 준용

  • 기존임대(’05.1.5.이전 등록 공공 · 민간임대) 주택
    임대사업자의 지위에서 2005.1.5. 이전부터 임대하던 주택으로서 아래 요건을 갖춘 주택
    다만, 한국토지주택공사 또는 지방주택공사가 소유하고 있는 주택의 경우에는 주거전용면적과 공시가격 요건을 적용하지 않음
주거전용면적주택수공시가격2)임대기간
국민주택규모 이하1)전국 2호 이상3억원 이하5년 이상

1) 전용면적 85㎡(단, 수도권을 제외한 도시지역 외 읍 · 면지역 100㎡)이하
2) 해당 주택의 2005년도 과세기준일 현재 공시가격

  • 민간건설 미임대주택
    「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조제2호에 따른 민간건설임대주택으로서 「건축법」 제22조에 따른 사용승인을 받은 날 또는 「주택법」 제49조에 따른 사용검사 후 사용검사필증을 받은 날부터 과세기준일까지의 기간 동안 임대된 사실이 없고, 그 임대되지 아니한 기간이 2년 이내인 민간건설임대주택으로서 아래 조건에 해당하는 주택
주거전용면적주택수공시가격1)임대기간
149㎡ 이하9억원 이하2)

1)합산배제신고를 한 연도의 과세기준일 현재의 공시가격
2)2021년 2월 16일 이전 「건축법」 제22조에 따라 사용승인을 받거나 「주택법」 제49조에 따라 사용검사 확인증을 받는 건설임대주택은 6억원 이하

  • 민간건설 장기일반 · 공공지원임대주택
    건설임대주택 중 「민간임대주택에 관한 특별법」제2조제4호에 따른 공공지원민간임대주택(기업형임대주택) 또는 같은 조 제5호에 따른 장기일반민간임대주택(준공공임대주택)으로서 아래 조건에 해당하는 주택
주거전용면적주택수공시가격1)임대기간임대료
149㎡ 이하시도별 2호 이상9억원 이하2)10년 이상3)증가율 5% 이하4), 1년 내 재증액 금지

1) 2호 이상 주택 임대를 개시한 날(2호 이상의 주택 임대개시일 이후 임대한 주택의 경우에는 그 주택의 임대개시일) 또는 최초 합산배제신고 연도의 과세기준일 현재 공시가격
2) 2021년 2월 16일 이전 「건축법」 제22조에 따라 사용승인을 받거나 「주택법」 제49조에 따라 사용검사 확인증을 받는 건설임대주택은 6억원 이하, 30호 이상의 주택을 임대하는 경우 : 12억원 이하
3) 2020.8.18. 이후 「민간임대주택에 관한 특별법」제5조에 제1항에 따라 등록 신청한 경우부터 적용
4) 임대보증금과 월임대료를 상호 간에 전환하는 경우에는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제44조제4항 및 「공공주택 특별법 시행령」 제44조제3항에 따라 정한 기준을 준용

  • 민간매입 장기일반 · 공공지원임대주택
    매입임대주택 중 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조제4호에 따른 공공지원민간임대주택(기업형임대주택) 또는 같은 조 제5호에 따른 장기일반민간임대주택(준공공임대주택)으로서 아래 조건에 해당하는 주택

* 개인 : 1세대가 국내에 1주택 이상을 보유한 상태에서 2018.9.14. 이후 새로이 취득한 조정대상지역에 있는 장기일반민간임대주택은 합산배제 대상 제외
* 법인 : 법인 또는 법인으로 보는 단체가 2020.6.18. 이후 지자체 임대사업자등록신청 또는 세무서 주택임대업 사업자등록신청을 한 조정대상지역 내 장기일반민간임대주택은 합산배제 대상 제외

주거전용면적주택수공시가격1)임대기간임대료
전국 1호 이상6억원 이하(수도권 밖 3억원 이하)2)10년 이상3)증가율 5% 이하4), 1년 내 재증액 금지

1) 해당 주택 임대를 개시한 날 또는 최초 합산배제신고 연도의 과세기준일 현재 공시가격
2) 30호 이상의 주택을 임대하는 경우 : 9억원 이하(수도권 밖 6억원 이하)
3) 2020.8.18. 이후 「민간임대주택에 관한 특별법」제5조에 제1항에 따라 등록 신청한 경우부터 적용
4) 임대보증금과 월임대료를 상호 간에 전환하는 경우에는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제44조제4항 및 「공공주택 특별법 시행령」 제44조제3항에 따라 정한 기준을 준용함

  • 분양전환공공임대주택 중 미분양된 주택
    ①에 해당하는 공공건설임대주택 또는 ②에 해당하는 공공매입임대주택 중 「공공주택 특별법 시행령」 제2조제1항제5호에 따른 분양전환공공임대주택으로서 같은 영 제54조에 따른 임대의무기간이 만료된 후 분양전환이 이루어지지 않은 주택(임대의무기간 만료일의 다음 날부터 2년 이내인 경우로 한정)
  • 민간건설 단기임대주택(’25.6.4.이후 등록)
    건설임대주택 중「민간임대주택에 관한 특별법」제2조제6의2에 따른 단기민간임대주택으로서 아래 조건에 해당하는 주택
주거전용면적주택수공시가격1)임대기간임대료
149㎡ 이하시도별 2호 이상6억원 이하6년 이상증가율 5% 이하2), 1년 내 재증액 금지

1) 2호 이상 주택 임대를 개시한 날(2호 이상의 주택 임대개시일 이후 임대한 주택의 경우에는 그 주택의 임대개시일) 또는 최초 합산배제신고 연도의 과세기준일 현재 공시가격
2) 임대보증금과 월임대료를 상호 간에 전환하는 경우에는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제44조제4항 및 「공공주택 특별법 시행령」 제44조제3항에 따라 정한 기준을 준용

  • 민간건설 단기임대주택(’25.6.4.이후 등록)
    매입임대주택 중 「민간임대주택에 관한 특별법」제2조제6의2에 따른 단기민간임대주택으로서 아래 조건에 해당하는 주택

* 개인 : 1세대가 국내에 1주택 이상을 보유한 상태에서 2018.9.14. 이후 새로이 취득한 조정대상지역에 있는 장기일반민간임대주택은 합산배제 대상 제외
* 법인 : 법인 또는 법인으로 보는 단체가 2020.6.18. 이후 지자체 임대사업자등록신청 또는 세무서 주택임대업 사업자등록신청을 한 조정대상지역 내 장기일반민간임대주택은 합산배제 대상 제외
* 2020.7.11. 이후 종전의 「민간임대주택에 관한 특별법」제5조에 제1항에 따라 등록 신청한 장기일반민간임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택은 합산배제 대상 제외
* 종전의 「민간임대주택에 관한 특별법」제2조제6호에 따른 단기민간임대주택으로서 2020.7.11. 이후 같은 법 제5조제3항에 따라 공공지원민간임대주택 또는 장기일반민간임대주택으로 변경신고한 주택 합산배제 대상 제외

주거전용면적주택수공시가격1)임대기간임대료
전국 1호 이상4억원 이하 (수도권 밖 2억원 이하)6년 이상증가율 5% 이하2), 1년 내 재증액 금지

1) 해당 주택 임대를 개시한 날 또는 최초 합산배제신고 연도의 과세기준일 현재 공시가격
2) 임대보증금과 월임대료를 상호 간에 전환하는 경우에는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제44조제4항 및 「공공주택 특별법 시행령」 제44조제3항에 따라 정한 기준을 준용함

▩ FAQ: 임대주택 합산배제·과세특례

Q. 임대료 증액 5% 제한을 어기면 어떻게 되나요?
A. 해당 연도와 다음 연도 합산배제 대상에서 제외되며, 경감받은 세액을 추징당할 수 있습니다.nts

Q. 임대사업자 등록 전에 임대한 기간도 의무임대기간에 포함되나요?
A. 아니요. 임대사업자로 등록한 이후의 임대기간만 의무임대기간에 포함됩니다.nts

Q. 아파트 임대주택도 합산배제 대상인가요?
A. 2020년 7월 10일 이후 신규 임대사업자 등록 아파트는 제외되지만, 그 이전 등록 임대주택은 일정 조건 하에 합산배제 가능합니다.nts+1

▩ 체크리스트

  •  임대사업자 등록증 및 임대차계약서 준비 완료
  •  공시가격 기준 충족 확인 (수도권 4억 이하, 비수도권 2억 이하 등)
  •  의무임대기간(6~10년 이상) 충족 여부 검토
  •  임대료 증액 5% 이하 유지 계획
  •  과세기준일 현재 임대 중인지 확인
  •  9월 16일부터 30일 사이 합산배제 신고서 제출(홈택스 또는 세무서)
  •  전년도 신고 후 변동사항 발생 시 즉시 신고
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